EWG （Environmental Working Group)  が
残留農薬が最も多い・少ない野菜・果物について最新のランキングを発表しました
これは、アメリカのデータを基にしていますが、参考にして頂ければと思います

同サイトによれば、残留農薬の危険性より、果物や野菜の健康効果は優れているとのこと。だから、まったく食べないことに比べたら、一般的な果物や野菜を食べてた方がはるかに健康に良いそうです。
但し、できる限り農薬の摂取を減らすために、残留農薬による汚染がひどい農産物についてはできるだけオーガニックのものを買うようにするなど、同サイトが提供する情報を有効に活用してくださいと呼びかけています。

また、ＧＭＯ（遺伝子組み換え）作物については、ＧＭＯトウモロコシと大豆は、殆どが加工食品用で、生鮮食品コーナーには並ぶことは稀だそう。
アメリカの生鮮食品コーナーで見かけるＧＭＯ作物には、ズッキーニ、ハワイアン・パパイヤ、スイートコーン がありますが、特にパパイヤはほとんどがＧＭＯだそうです。

アメリカではＧＭＯ作物の表示を義務付けていないので、ＧＭＯを避けたい人は、これらの食品についてはオーガニックを買った方がよいでしょうと、提案しています。

残留農薬の多い野菜・果物

残留農薬の少ない野菜・果物

Source: EWG's 2013 Shopper's Guide to Pesticides in Produce™